毛发亲子鉴定确实必须使用带有毛囊的毛发，发干（毛干）不能用的核心原因在于DNA的分布和类型不同：
1. 毛囊是唯一含核DNA的部位
亲子鉴定比对的是核DNA（细胞核里的46条染色体）。毛囊位于毛发根部，是活细胞聚集的地方，含有完整的细胞核，因此能提取到足量的核DNA。而发干是已经角化的死细胞组织，细胞核早已消失，只剩下一堆角蛋白，没有核DNA可提。
2. 发干里只有线粒体DNA，不能用于亲子鉴定
发干中确实还能检出少量线粒体DNA，但线粒体DNA有两个致命问题：
• 只来自母亲：线粒体DNA是母系遗传，孩子和父亲的线粒体DNA序列不同，无法用来判断父子关系。
• 信息量太小：线粒体DNA只有约1.6万个碱基对，而核DNA有30亿个碱基对，个体识别能力远远不够。
所以发干做亲子鉴定，等于拿错了"比对材料"。
3. 拔下来的毛发，毛囊才是关键
实际操作中，需要连根拔下、根部带有白色/透明毛囊鞘的毛发。自然脱落或剪下来的头发，根部往往没有完整毛囊，通常也做不了。
总之，毛发亲子鉴定必须使用带毛囊的毛发，发干不能替代，原因在于二者所含DNA类型与数量存在本质差异。
亲子鉴定检测的是核DNA，即细胞核内46条染色体上的遗传信息，具有父母双方各半的遗传特征，个体识别力极强。毛囊位于毛发根部，由活细胞构成，含有完整细胞核，可提取到足量、高质量的核DNA，满足STR分型检测要求。
发干则是毛囊细胞角化后形成的死组织，细胞核已退化消失，主要成分为角蛋白，几乎无法提取核DNA。发干中虽可能残留少量线粒体DNA，但线粒体DNA呈母系遗传，仅来自母亲，不能反映父亲遗传信息；且其长度仅约16,000碱基对，信息量远低于核DNA的30亿碱基对，不具备亲子鉴定所需的个体识别能力。
因此，用于亲子鉴定的毛发必须连根拔下，根部带有完整毛囊鞘。自然脱落或剪下的发干通常无法使用，实验室一般会建议改用手足指甲、口腔拭子或血痕等样本。
