DNA条形码技术中，用于物种鉴定的分子标记主要分为以下几类：
一、核心标准条形码
根据国际生命条形码联盟的共识，不同生物类群有各自公认的标准标记：
动物界 —— COI
线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（COI）基因5’端约658bp的片段，是绝大多数动物通用的标准条形码。它突变速率适中，能很好地区分近缘种，但不适合植物（进化太慢）和部分两栖爬行类。
植物界 —— 多片段组合
植物中单靠一个基因难以有效区分物种，因此采用组合方案。核心标记是叶绿体基因 rbcL + matK，并视情况补充 trnH-psbA 和核基因 ITS。ITS因具有更高的变异度，在植物中也日益重要。
真菌界 —— ITS
核糖体DNA的内转录间隔区（ITS）是真菌的正式标准条形码。变异速率快，种间差异明显，能有效鉴定大量真菌物种。
原生生物
推荐使用 COI 或 18S rDNA 的特定高变区（如V4、V9区）。18S更保守，适合研究高阶分类和进化关系。
原核生物（细菌/古菌）
通常不使用狭义DNA条形码，而是依赖 16S rRNA 基因进行物种分类和注释。此外，cpn60、rpoB 等基因可作为补充。基于单拷贝核心基因的系统发育分析正成为金标准。
二、常用的辅助/补充标记
当核心标记分辨率不足时，会使用进化速率更快的标记进行精细鉴定：
动物补充标记
Cyt b：常用于鱼类和哺乳动物的鉴定。
ITS2：作为COI的补充，广泛用于多种动物。
12S/16S rRNA：适合降解样本，常用于环境DNA分析和鱼类、两栖类鉴定。
D-loop（控制区）：进化极快，用于种内群体或近缘种分析。
植物补充标记
psbA-trnH：扩增成功率高，变异适中，是最广泛使用的补充标记之一。
trnL：常用于古DNA和降解材料，也在DNA宏条形码技术中作为通用植物标记。
核基因 ITS 和 ETS：作为叶绿体标记的补充，ITS是其中分辨率最高的单标记之一。
特殊类群专用标记
蜜蜂鉴定：COI有时会共用假基因，因此常用 NADH脱氢酶亚基2 作为辅助。
吸虫/扁形动物：推荐用 28S rDNA 作为条形码标记。
三、前沿技术中的标记
单分子条形码：HMW-DNA
通过长读长测序，直接对kb级别的完整核糖体操纵子（18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S）进行测序，一次获得多个标记的超高分辨率信息。
全叶绿体基因组与线粒体全基因组
从单基因片段扩展到整个细胞器基因组，彻底解决近缘类群的分辨难题，是植物超级条形码的核心。
如果你正面临具体的物种鉴定难题，告诉我你的研究对象（如某种昆虫、鱼类或中药材），我可以为你分析最适合的技术方案和标记组合。
