虽然我国公安已有50多家单位开展了DNA检验技术，对STR基因座及其在法医学中的应用研究也已有许多报道，并成功地应用于各种案件的鉴定。但要进行建立犯罪DNA数据库，以下问题尚需探讨解决：
1 群体调查：国内建立的频率资料样本量普遍较少，多在100左右，且样本多取自当地血站或在办案中积累的样本，难以保证观察样本能够检出群体中所有的等位基因、是否能代表真正的基因频率分布资料，还需在实验中进行一步验证。其次我国是一个多民族的国家，目前报道频率资料多为汉族人群，对广东、广西、云南、海南等少数民族地区人群的多态性的研究相对较少。尽管我国汉族与少数民族通婚比较普遍，但要准确地计算个体识别力、偶合率、亲权概率等最重要的参数，必须进行不同民族、不同人群、大样本量的频率调查。否则当有关检验涉及到这类人群，而律师在法庭提出质疑又缺乏科学有效的数据时，DNA鉴定证据是否采用就有疑问。缺乏少数民族频率资料对我国如何进行标准化、选择建库基因座也不利。
2 家系调查：我国应用的STR基因座有关家系分析调查，家系数量较少、且多为两代人家系，国际DNA委员会指出要分析等位基因的传递是否遵循孟德尔分离律，观察突变片段出现率，一般需要观察500次减数分裂。
3 标准化、质量控制与建库：国际法庭DNA委员明确规定等位基因分型标准物是STR基因座分型的基础，目前我国使用的有些基因座并未用这一标准，且多数实验室所用方法为银染显带，这种方法难以相差1～2bp的变异型等位基因有效分型。没有等位基因阶梯所检测的结果只能在同一条件下比对，难以建立高标准的DNA数据库，实现数据共享。
4 法医学应用评估：对同一个体不同组织生理、病理等情况下STR基因型是否一致，对不同条件下、不同时间、不同环境等条件对检材基因分型影响有待系统研究。
5 立法：DNA数据库相关的法律、法规有待制定建立。
6 质量控制及数据库管理：尚没有成立DNA检验标准化及质量控制方面的机构，没有制定这方面的标准。
