亲子鉴定原理依据的是孟德尔遗传学。子女的基因型一半来自母亲，另一半来自父亲。标准的的三联体亲子鉴定就是父母双方都参与，做父母子三人的亲子鉴定，通常这里的母亲是孩子的生物学母亲，父亲为可疑父。如果母亲也是不确定的，就是双亲皆疑三联体，母亲不参与鉴定二联体亲子亲子鉴定。那么亲子鉴定是否需要父母双方都参与呢？
司法亲子鉴定一般都是建议父母双方都参与。
司法亲子鉴定是具有司法效力的，涉及到父亲的权利和母亲的权利，一般建议双方都参与的。有人疑问，母亲本身就是可以确认孩子是她生的，应该是没有必要参与的，特别是一些司法亲子鉴定仅用于孩子继承父亲这边权益的时候。如有些孩子随父落户要求的亲子鉴定，为何也需要另外一方参与呢？父母同时参与做司法亲子鉴定是一般双方同时作为委托人委托办理的。相当于是两者都同意做亲子鉴定确认亲子关系。这样就避免了一方未参与而不认可参与方的单亲亲子鉴定。
个人亲子鉴定大部分是父母一方参与。
个人亲子鉴定大部分是做父母一方参与的父子俩的亲子关系鉴定。涉及到个人家庭的隐私，有可能是男方带孩子，或采集孩子的样本做亲子鉴定的事情是隐瞒着女方的。这个时候完全可以父母一方参与就可以的。再者，个人亲子本身就是一项DNA检测技术服务，不要求当事人到场，未参与方是否愿意进行DNA鉴定也是不而知，可以很多的避免因一方拒绝导致不能自行确认亲子关系。
亲子鉴定在判定亲子关系的标准上要求父母双方参与。
做单亲亲子鉴定的时候，在单亲风险提示单有提示：检测过程中如若父权概率达不到规定出报告的数值时，需加做检测系统或提供母亲样本。也是亲子鉴定技术在达到累积亲权指数大于10000才给出肯定的鉴定意见的，若基因突变导致亲权指数不达标，则需要父母一方参与的鉴定增加检测为父母双方都参与的鉴定。当然若是未参与方确实不能参与，增加已经检测的单亲亲子鉴定的父子俩的基因座位点到40个位点就可以。
