PCR具有高灵敏度，可扩增小量DNA，但如果不采取正确的防护措施，它的高灵敏度同样会带来麻烦。我们一定要遵守实验室认可的操作程序；这样才能避免高浓度DNA的污染例如来自DNA分析人员自身的DNA。但是重要的是我们要记住，一旦发生了污染，可能导致“排除”或“不能确定”的结论。
污染就是在试验过程中偶然发生的DNA转移。PCR过程存在三个可能的污染源：环境中基因组DNA造成的样本污染；DNA提取阶段样本间的污染；前一次PCR反应扩增产物的污染。第一种污染源很大程度取决于犯罪现场样本的采集和证据采集人员采取的防护措施。环境污染只能在一定程度上用“载体对照”的方法进行监控。其他两个来源的污染可以通过遵守规范的实验操作程序和划分工作区域来控制，甚至消除。
设置阴性对照，检测PCR反应试剂和试管是否污染，就可监测是否可能存在实验室的污染。阴性对照是指在整个法医案件样本检测过程中同时检测一个空白样本。与其他样本中DNA模板等量的纯水加入作为阴性对照的PCR反应体系中。如果在阴性对照中检测到任何PCR产物，就应当在下一步骤前找出污染，并将其消除。
在对可能的PCR污染源的系统检测中，Henry Lee和他的同事们发现在正常的检案环境中不会出现PCR污染。他们应用反向斑点杂交法检测AmpliType PM和DQA1系统，检测了在PCR过程中可能会造成污染的四个环节：PCR扩增设备、PCR产物处理、气溶胶和DNA保存。在这些研究中，只有严重违反实验室实施的防护措施，才会出现可检测到的污染。他们得出的结论，仅是捡到的操作不慎不会导致污染的发生。
每个实验室应当存有实验室工作人员基因型，以便发现来自实验室工作人员的任何DNA污染。所得到的DNA分型结果常常要经过“内部人员污染消除数据库”搜索之后，才能认定其反映了物证的遗传信息，而不是来自实验室工作人员的污染。只有在整个实验村子失误时，才会得出两种DNA的混合分型结果。进行混合样本分析时，通过与实验室工作人员的基因型比对，这种错误很容易发现。有关人员已经开发出一些专家系统软件用于帮助检测批量样本中潜在的交叉污染。
