父或母已亡，或因为某种原因不能参与检验，为了认亲、移民鉴定、继承财产、上户口等，要求进行隔代、同胞或叔侄、姨甥等旁系人员间的亲权鉴定。隔代或旁系之间的亲权鉴定原理与亲子鉴定父子或母子的原理一样。
作者单位曾出现过类似案例，现将其中1例介绍如下：非婚生子，父因车祸死亡，祖父母欲让男孩继承遗产，但儿媳不同意，故进行隔代亲权鉴定，间接认定父子关系。该案例共鉴定祖父、祖母、叔叔、姑姑、孩子生母和孩子6个人的遗传标记。
各个遗传标记结果
|
遗传标记 |
祖父 |
祖母 |
叔 |
姑姑 |
母亲 |
男孩 |
|
ABO |
O |
A |
O |
A |
O |
O |
|
MN |
MN |
N |
MN |
MN |
N |
MN |
|
HP |
2 |
2-1 |
2 |
2-1 |
1 |
2-1 |
|
EsD |
2-1 |
1 |
- |
- |
1 |
1 |
|
HLA-A |
2，33 |
11,33 |
11,33 |
2,33 |
2,9 |
9,33 |
|
HLA-B |
46，X |
60,17 |
60，X |
46,27 |
35,16 |
35,17 |
|
THO1 |
192,200 |
196,200 |
200 |
192,196 |
200,204 |
196,204 |
|
PLA |
124,136 |
132,136 |
132,136 |
132,136 |
128,136 |
132,136 |
|
SE33 |
298 |
298,270 |
- |
- |
282,310 |
298,310 |
|
D19S253 |
229 |
233 |
- |
- |
233 |
299,233 |
|
VWF-40 |
300+248+240 |
308+280+228 |
308+280+228 |
300+248+248 |
304+284+228 |
300+248+240 |
|
|
300+248+240 |
292+248+244 |
300+248+240 |
292+248+244 |
296+248+244 |
296+248+244 |
|
DYS19 |
199 |
|
199 |
|
|
199 |
|
DYS398 |
261,381 |
|
261,381 |
|
|
261,381 |
|
DYS389 |
219 |
|
219 |
|
|
219 |
根据检验结果，孩子的生父基因均可在祖父、祖母、的遗传标记中找到，故不能排除他们之间有亲缘关系。根据祖父、祖母各种遗传标记的组合，推出孩子生父基因频率（X）与随机人群生父基因频率(y)比较，同样可以计算出亲权指数。
例子说明：
（1）MN血型：从母子组合知，生父基因位M基因，从祖父、祖母的表型推测，他们的子女中50%为MN型，50%为N型，故传递男孩M基因的频率为0.5×0.5=0.25；
（2）D19S2453基因座：生父基因为298，推测祖父、祖母的子女100%为D19S253 299-233型，传递给男孩基因频率为 1×0.5=0.5；
（3）SE33基因座：根据叔叔基因为298，推测祖父、祖母的子女50%为298型纯合子，50%为298-270杂合子，故传递给男孩的基因频率为0.5×1+0.5×0.5=0.75；
（4）ABO型：根据叔叔、姑姑的ABO型，可推测祖父、祖母的基因型分别为OO和AO，他们的子女中有50%为AO基因型，50%为OO基因型，故传递给孩子O基因的频率为0.5×0.5+0.5×1=0.75；
（5）孩子从爷爷Y-STR的基因座的生父基因频率为1.
受检对象之间有祖上是关系的PI值为370927.27，PCR为99.9997%。根据检验结果，叔叔于孩子又TH01和HLA两系统违反遗传规律，故叔叔不是孩子的生父，法院调查后确认祖父母只有两个孩子，男孩既与他们由祖孙关系，又不是叔叔的儿子，从而间接确定是已故父亲的亲生子。
