亲子鉴定判定亲子关系首先是提取样本的DNA，检测出留样者的DNA数据。原后根据DNA数据分析大人和孩子的亲子关系。亲子关系的分析有两个方面，一个比对位点是否有相同的DNA数据，另一个是所检测的数据量是否足以判定亲子关系。
亲子鉴定大人和孩子的DNA数据比对分析亲子关系。
三个以上位点不符合遗传规律则可以知道两者是不存在亲子关系的，一般所有位点都符合遗传规律则表示存在亲子关系的。这个是从DNA数据上面，可以简单的初步判断大人和孩子的亲子关系。所谓的DNA数据，就是遗传密码，一般为阿拉伯数字表示的，为遗传DNA片段的短串联重复序列的重复数，符合遗传规律的表示两者在相同的位点有完全相同的数字，这个一般人都是可以鉴定的辨识清楚的。
亲子鉴定大人和孩子的DNA数据量是否足以判定亲子关系。
通常把累积亲权指数作为一个家庭大人和孩子间判定亲子关系的所需要鉴定的DNA数据量。累积亲权指数大于10000即可给出肯定的鉴定意见，否定则小于0.0001。累积亲权指数是由所鉴定的每一个基因座位点的亲权指数累计相乘得到的，符合遗传规律的位点的亲权指数大部分是大于1的，还有一部分在0.7-1之间。而不不符合遗传规律的基因座位点的亲权指数是小于1的。因此，在亲子关系发生基因突变的时候，需要增加基因座位点检测。
亲子鉴定技术判定亲子关系的标准为：非父排除率大于0.9999。这个概率就是需要满足累积亲权概率大于10000得到的，同时可以得到换算成大家比较容易的亲权概率大于99.99%。在对基因位点的质量控制标准上，通常亲子鉴定以21位点为主，40位点为辅的检测标准。
