在亲子鉴定报告里面会有对DNA鉴定的整个实验说明和数据分析以及结论，其中有一项检验结果是：实验中阴性及阳性对照结果均正确。他是用来监控实验过程，证明实验的正确与否的。那么阳性和阴性对照是怎么样运用的呢？
Melton和Nelson(2001)提出在mtDNA分析中两个主要的目标是：1. 在检验的任一阶段防止污染，保持证据的终实性；2. 最大限度地收集存留于任何载体的mtDNA信息。质控样本和待测样本同时进行试验的每一个步骤，用上面提到的两个目标来监测和评估试验是否成功。
利用空白试剂盒阴性对照来评估污染，空白试剂对照监测从提取到最后序列分析的污染，而阴性对照监测从扩增到最后序列分析的污染。除不加DNA外，试剂或提取空白对照进行待测样本的所有步骤。在PCR扩增步骤中介绍的阴性对照或扩增空白对照和待测样本使用同样的试剂，只是用去离子水代替了DNA模板。如果空白试剂和（或）阴性对照出现特异扩增，导致和待测样本的序列相同，那么待测样本的所有数据必须舍弃，必须从扩增开始重复，再次进行检验分析。
尽管尽最大努力保持实验室环境清洁，但有时还会发现实际对照污染。由于mtDNA分析时一项非常灵敏的技术，因此，低水平污染比较常见。例如，Mitotyping Technologies 报道过去两年间的检案中，在1218次PCR反应中有29次（2.4%）实际对照出现扩增。这种污染与工作人员或最近处理的样本均无必然关系，而被认为可能是某一次性枪头或PCR管出现的偶发性污染。
如果在试剂对照或阴性对照中同时观察到污染，未知样品的结果并不一定必须舍弃。通过人工混合样本的研究表明：为了获得可靠的序列数据，我们可以设定背景污染的阈值。例如：FBI实验室已经建立了10：1规则，即在PCR后的数据分析中试剂对照或阴性对照出现污染的比例必须低于被检测样本数的十分之一。由于在这些程序中要进行PCR产物质量分析，因此采用样本/污染比是可行的。最近的研究表明：规则是稳妥和可靠的。
阳性对照是用已知mtDNA序列的样本表明扩增和测序反应方行正常。阳性对照通常是经过扩增、测序和数据分析的已知DNA样本。FBI实验室采用HL60细胞株作为阳性对照。
